A cooperação é actualmente assumida como uma componente fundamental para a estratégia de desenvolvimento das regiões e para a afirmação da sua competitividade. No novo Quadro de Financiamento a “Cooperação Territorial Europeia” surge como um dos 3 objectivos da Política comunitária e os Programas de Cooperação 2007-2013, chamados de 4ª geração, deixam de ser Iniciativas Comunitárias, os conhecidos INTERREG e passam a ser Programas Operacionais com regras uniformes às demais intervenções e todos eles inspirados nos princípios estruturantes do QREN, nomeadamente no que respeita à concentração, à selectividade e à viabilidade económica.
À margem ainda deste quadro mantêm-se iniciativas comunitárias como o EQUAL e os Programas LIFE e CULTURA a possibilitar também o desenvolvimento de projectos em cooperação com outros Países e/ou Regiões.
Com atribuições nesta área, a CCDR Algarve participa activamente no processo de dinamização da cooperação, com o objectivo de promover a articulação e incentivar a mobilização das instituições e agentes regionais para o estabelecimento de parcerias e para o desenvolvimento de projectos de cooperação nos mais diversos domínios e a diferentes níveis, a saber: